Toon Hagen begon zijn orgelopleiding bij Egbert Klein. Vervolgens studeerde hij hoofdvak Orgel aan het Koninklijk Conservatorium te Den Haag. Daar behaalde hij de diploma’s Docerend en Uitvoerend Musicus. Tevens studeerde hij Kerkmuziek aan genoemd conservatorium. Aan het Arnhems conservatorium behaalde hij de aantekening improvisatie.
Zijn belangrijkste docenten waren Rienk Jiskoot voor orgel en Bert Matter voor improvisatie.

Als cantor-organist is hij verbonden aan de Grote of Sint-Michaëlskerk te Zwolle. Hij geeft leiding aan de Michaëlscantorij, die medewerking verleent aan de maandelijkse Michaëlsvieringen in de Grote of Sint- Michaëlskerk en aan het Michaëlscantatekoor dat meewerkt aan de cantatevieringen in deze kerk.

Toon Hagen is mede-oprichter van het Zwolse orkest Musica Michaelis, een orkest van professionele musici dat in 2008 ontstaan is uit de cantatevieringen. Tot juni 2010 was hij tevens artistiek leider van dit orkest.

Toon Hagen is actief als concert-organist, heeft een privé-orgellespraktijk en is werkzaam als componist van orgel- en kerkmuziek.  In 2011 is Toon Hagen toegetreden tot het Genootschap van Nederlandse Componisten (GeNeCo). Hij geeft zijn composities in eigen beheer uit. 
Zijn orgelspel is inmiddels op een zevental cd’s vastgelegd.